Komparative Theologie verfolgt die Zielrichtung, konfessionelle  Theologie im Gespräch mit anderen Religionen und deren Theologien zu entwickeln. Hierbei möchte sie nicht einen religionswissenschaftlich-neutralen Zugang wählen, sondern neue Wege beschreiten. Die Begegnung und der wissenschaftliche Dialog der Religionen vollziehen sich aus den jeweiligen Innenansichten heraus und suchen dialogisch im Hin- und Hergehen zwischen verschiedenen Perspektiven den eigenen religiösen Standpunkt zu befruchten und weiterzuentwickeln. Im englischsprachigen Raum hat sich diese neue wissenschaftliche Disziplin seit längerer Zeit bewährt und das ZeKK will die Perspektive Komparativer Theologie im Gespräch mit den Kulturwissenschaften auch im deutschsprachigen Raum etablieren.

Schon seit der Reformationszeit gehört Paderborn zu den Zentren ökumenischer Auseinandersetzung. In dieser Tradition machen sich auch die beiden christlichen Theologien in gemeinsamer ökumenischer Ausrichtung das Gespräch mit anderen Religionen zu einem Kernanliegen. Dabei kann das konservative und bodenständige Image der Stadt helfen, gegenseitige Ängste und für den Dialog nachteilige Vorurteile in unserer Gesellschaft abzubauen. Das ZeKK ist zudem ein gutes Beispiel dafür, dass sich Paderborn mehr und mehr zu einer bunten und weltoffenen Stadt entwickelt, die durch ihre innere Vielfalt und ihre Offenheit gegenüber neuen Entwicklungen überzeugt.

Das ZeKK wird von der örtlichen Wirtschaft unterstützt, etwa durch „Paderborn überzeugt“ e. V. als Förderer des wirtschaftlichen und kulturellen Stadtgeschehens. Es ist überregional mit den verschiedenen Religionsgemeinschaften vernetzt (z. B. über das Paderborner Forum der Religionen oder die Schura Paderborn) und wirkt mit öffentlichen Dialogveranstaltungen stark in die Paderborner Zivilgesellschaft hinein.